Meldingen ble lagt ut på Facebook tirsdag.
– Kjære passasjerer, for øyeblikket er luftrommet til Moldova stengt. Vi venter på at flyvingene gjenopptas, skriver selskapet.
Kunngjøringen kommer samtidig som forholdet mellom Russland og den tidligere Sovjet-republikken er blitt stadig mer anspent.
DETTE ER SAKEN: Moldovas president anklager Russland for kupplaner
Ukraina grenser til Moldova, og en del av landet, Transnistria, har i flere tiår fungert som en russiskvennlig utbryterrepublikk.
Klokken 13.47 lokal tid melder Moldovas luftfarttilsyn at luftrommet igjen er åpnet.
